南部航務中心組織說明：
本中心設有中心主任一名、中心副主任一名，簡任技正三名、專門委員二名。
中心所轄下屬單位計有：
- 監理科：負責航運業管理、船員管理、船舶登記、船舶進出港業務等相關業務。
- 海技科：負責船舶檢查、丈量及載重線勘劃、海事案件處理及調查、引水業務及引水人管理、港口國管制檢查、船舶布告發布等相關業務。
- 港政科：負責公共基礎設施維護管理、港區污染防制、港區災害防救、貨物裝卸承攬業及理貨業監理、違反港務法規處份等相關業務。
- 自貿港科：負責自由貿易港區管理機關應辦理事項、檔案管理、資訊管理、財產管理等相關業務。
- 安平航港科：負責航業及船員監理、船舶監理、航安業務、港政及港務業務、一般性綜合業務等相關業務。
- 馬公航港科：負責航業及船員監理、船舶監理、航安業務、港政及港務業務、一般性綜合業務等相關業務。
