我國四面環海，以海洋與世界各國相連結，我國進出口貿易貨物運輸超過95%仰賴海運，海運既是臺灣對外貿易的主要運輸命脈，也是臺灣企業全球運籌、佈局世界策略十分重要的環節。
為健全我國航業制度，航務組下設國際水運科、水運發展科及航運管理科，辦理國際、兩岸、港澳及小三通航運業務之處理及督導，航業法及其相關子法之擬議及連續假期疏運計畫業務以及我國航業與航業聯營組織之籌設及業務監理督導。
‧國際、兩岸與港澳海運相關業務之審核與督導
‧小三通航運業務之政策規劃
‧國際航線管理政策建議之審核與督導
‧外國船舶運送業分支機構監理相關業務之審核與督導
‧連續假期疏運計畫彙整
‧航業法及其相關子法之擬議
‧海運疏運業務及營運虧損補貼業務之審查與督導
‧交通年鑑航政部分撰編及績優航商表揚審核業務之審查與督導
‧船舶運送業、船務代理業及海運承攬運送業等業務審核與督導
‧貨櫃集散站經營業及航業聯營組織之籌設等業務之審核與督導
‧航運相關資料分析事項之審核與督導
