港務組有組長、副組長各一員，簡任技正/專門委員二員，下設海運設施科、港埠工程科、港埠管理科、港埠發展科辦理港埠相關業務。
海運設施科：負責交通船碼頭設施改善、遊艇泊區整體發展相關業務等。
聯絡窗口：陳科長，分機：6832
港埠工程科：負責國際（內）商港公共基礎建設計畫審查及管考、預算編列、工程督導與查核等業務。
聯絡窗口：姚科長，分機：8064
港埠管理科：負責商港服務費收取、港區許可業監理督導、港區災害防救業務、國內商港（澎湖及布袋）經營管理委辦及督導、船舶進出港業務等。
聯絡窗口: 余科長，分機：2956
港埠發展科：負責港口設施保全之督導、港區污染防治之督導、海港自由港區管理、商港法及自由港區相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議。
聯絡窗口：張科長，分機：6838
