港務組有組長、副組長各一員,簡任技正/專門委員二員,下設海運設施科、港埠工程科、港埠管理科、港埠發展科辦理港埠相關業務。
海運設施科:負責交通船碼頭設施改善、遊艇泊區整體發展相關業務等。
聯絡窗口:陳科長,分機:6832
港埠工程科:負責國際(內)商港公共基礎建設計畫審查及管考、預算編列、工程督導與查核等業務。
聯絡窗口:姚科長,分機:8064
港埠管理科:負責商港服務費收取、港區許可業監理督導、港區災害防救業務、國內商港(澎湖及布袋)經營管理委辦及督導、船舶進出港業務等。
聯絡窗口: 余科長,分機:2956
港埠發展科:負責港口設施保全之督導、港區污染防治之督導、海港自由港區管理、商港法及自由港區相關法規制(訂)定、修正或廢止之研議。
聯絡窗口:張科長,分機:6838