1.本局北部航務中心及中部航務中心針對簡易加工案件均採逕行審核，查103年申請案件，行政審核時間均於1-7天內完成，如複雜案件始另召開審查會議辦理；南部航務中心現則均採召開審查會方式辦理。
2.本局如遇需召開審查案件，均已併邀請海關與會，故並無核准後再傳送海關審查之情事。
3.查民航局業已擬定「自由貿易港區管理機關受理委託區外廠商加工申請審查作業程序說明書（草案）」，俟交通部核定後，海、空自由貿易港區均將依該規定辦理。

可以F5報單方式申報，貨物經海關放行後以專用車隊運送至空運關區貨棧，該貨棧點收並傳輸出口貨物進倉資料訊息至海關後，轉機出口。

以自由港區事業名義進行貨物之通報，並以自由港區事業為納稅義務人(包括收貨人、提貨單或貨物持有人)，該貨物即符合設管條例第21條「供營運」之貨物，得免徵相關稅費。

依據「自由貿易港區設置管理條例」第28條規定：
一、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備。
二、保稅區營業人銷售與外銷廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
三、課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
四、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業與營運相關之勞務。
五、自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。

1.外國營利事業申請適用「自由貿易港區設置管理條例」第29條第1項規定免徵營利事業所得稅時，檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關申辦免納營利事業所得稅：
(1)依「營利事業於自由貿易港區從事貨物採購輸入儲存或運送免徵營利事業所得稅辦法」規定，向自由港區所在地之管理機關申請核發符合外國營利事業於自由港區從事貨物儲存或簡易加工證明函影本。
(2)經營利事業所得稅查核簽證申報會計師複核之當年度適用自行申設或委託自由港區事業租稅獎勵表及相關證明文件。
2.前揭經簽證會計師複核之租稅獎勵表，可提高相關文件之正確性及可信度，並降低事後查核耗費之時間及人力，已有效簡化納稅義務人申請程序並降低稽徵作業成本。
3.有關申請核發儲存或簡易加工證明函，交通部於103年10月14日以交航字第10350126291號令修正發布「外國大陸地區香港或澳門營利事業於自由貿易港區從事貨物儲存或簡易加工計畫書」之申請文件簡化，相關資料可至航港局網站-下載專區-港務類查詢。

依據「自由貿易港區設置管理條例」第21條第2項規定：「自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後5年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。」，查其立法理由係自國外運入供自由港區事業使用之機器或設備，尚未進入關內，有關之關稅、貨物稅及營業稅亦應予免徵，惟如於短期(5年內)使用後復輸往課稅區者，仍應以進口貨物之規定，課徵進口時應徵之稅捐，以符公平。至使用超過5年之機器，已提列相當之折舊，爰明定該機器設備輸往課稅區時，免予課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。

根據「自由貿易港區設置管理條例」規劃，國際(不含大陸)商務人士除得依一般(停留或居留)簽證、免簽證或落地簽證外，緊急案件得由港區管理機構核轉主管機關於7個工作天內辦理「選擇性落地簽證」入境。

1.依「自由貿易港區設置管理條例」第11條第2項規定，自由港區事業僱用勞工總人數中，應僱用百分之三具有原住民身分勞工。
2.未依前項規定足額僱用者，應依差額人數乘以每月基本工資，定期向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納就業代金。

一、為提升自由港區行政服務效能，自由港區單一窗口規劃以「專案經理人」提供便捷式一站服務式(one-stop service)，以滿足企業進駐所需各項行政服務；本局業於各海港自由港區成立聯合服務中心，由臺灣港務股份有限公司及本局各航務中心之專案經理人提供進駐業者申辦輔導、投資諮詢及各項行政服務之單一窗口。
二、目前本局各航務中心之「專案經理人」除提供企業上開各項行政服務外，並接受其他行政機關委託辦理「委託加工之審查核准」及「稅捐減免證明之核發」、「原產地證明書之簽發」、「外國人從事專門性技術性工作之聘僱許可」及「公司登記及管理業務」等5項服務。
三、本局後續將持續辦理「專案經理人」相關業務職能訓練，以提供專業及高效能之單一窗口服務，並塑造業者優質、簡便的經商環境。

1.依自由貿易港區事業營運管理辦法第3條申請經營自由港區事業應檢具設施或土地租賃契約書或相關證明文件向管理機關申請籌設許可，並無強制租用港區貨棧之規定。
2.依「自由貿易港區貨物通關管理辦法」第2、5、6及24條意旨，港區事業貨物輸往國外，自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區保稅區貨物輸往自由港區，均須將貨物進儲港區貨棧並辦理相關通關(報)事項；該貨棧可為「港區事業自己所經營之港區貨棧」，亦可為其他自由貿易港區事業所經營之港區貨棧。