為維護港區安全，本局依據商港港務管理規則第29條規定訂定「交通部航港局港區危險物品作業安全督導實施要點」，並組成危險物品安全督導小組(以下簡稱督導小組)，督導港區內各公民營業者之危險物品裝卸、運送、存放及事故之處理業務。

危險物品安全督導小組由本局各航務中心邀集臺灣港務股份有限公司所屬各港務分公司、內政部消防署各港務消防隊等所屬機關(構)組成，各航務中心主任或副主任擔任小組召集人，相關單位依權責分工執行危險物品督導。主要督導對象為石化儲運業(管道及儲槽)、港區列管許可之危險物品倉庫業者及港區各公民營貨櫃集散站。

另為提升港區安全檢查強度，本局已於105年1月26日函頒修正之「交通部航港局港區危險物品作業安全督導實施要點」，針對督導缺失，認有立即危險之情形者，要求業者立即改善，無法立即改善者，應限期改善並予複查，並將危險品安全督導修正為每半年至少啟動1次之方式辦理，並視需要增加督導頻率。對於督導結果不符規定者，即要求立即改善，對於不能立即改善者，應請受督考業者於限期前確實改善後，辦理複查，以有效控管相關督導缺失是否確實改善。