自由貿易港區（以下簡稱自由港區）又稱免稅貿易區，係指在某一特定區域內，無論是原料、零件、半成品或成品，均可自由進出；而在此區域內，貨物可以陳列、儲存、拆裝、改裝、加標籤、分類或與其他貨物混合加工、以便再轉運出口，當地政府均不徵收關稅，也毋需預繳保證金。僅在貨物離開自由貿易區運至地主國其他課稅區域使用或消費時，才徵收關稅及採取邊境管制措施。
我國自由貿易港區設置管理條例自92.7.23公布施行以來，現正有六處海港一處空港自由港區，即基隆港自由港區、臺北港自由港區、蘇澳港自由港區、臺中港自由港區、安平港自由港區、高雄港自由港區及桃園航空自由港區。

境內關外係指國境以內劃設一區域，該區域係關稅領域以外，無論是原料、零件、半成品或成品進出該區域當地政府均不徵收關稅，也毋需預繳保證金。僅在貨物離開自由貿易區運至地主國其他課稅區域使用或消費時，才徵收關稅及採取進口管制措施。

依據「自由貿易港區設置管理條例」規定，自由貿易港區具備以下特色: 
一、「境內關外」的觀念設計 
      「自由貿易港區」係以「境內關外」的觀念設計，區內事業可以享受高效率的物流服務，貨物在此區域內流通。
二、港區事業自主管理
      自由貿易港區內事業之管理，將以高度的廠商自主管理制度，取代政府管理現制，降低政府實質介入程度，進而增加廠商進駐之意願。
三、區內貨物、設備免稅
      自由貿易港區事業自國外運入區內供營運之貨物及自用設備免稅(免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費)。
四、貨物自由流通
      貨物(含大陸貨品)由國外進儲自由貿易港區，或自由貿易港區貨物輸往國外或其他自由貿易港區，僅須向海關通報，經海關電子訊息回復完成檔案紀錄後，即可進儲或運往國外。
五、貨品深層加值 
      我國自由貿易港區可以從事零組件組裝等較深層次之加工，將可充分發揮我國在高附加價值產品製造方面的優勢，強化我國全球運籌競爭力。
六、引進商務活動 
      (一)為便利外籍商務人士進入自由貿易港區從事商務活動，將協調相關主管機關於現行法令制度下，彈性放寬國際商務人士(包含大陸人士)申請入境簽證之程序。 
      (二)自由貿易港區提供展覽、貿易活動機能。
七、勞動條件彈性化 
      放寬外勞僱用比例，自由港區事業僱用本國勞工人數，不得低於僱用員工總人數60%。
八、活絡資金流通
      (一)得從事外幣匯兌及外匯交易：國際金融業務分行得辦理自由貿易港區事業之外幣信用狀、通知、押匯、進出口託收、外幣匯兌及外匯交易業務。
      (二)得設控股公司從事海外投資：外國人得向自由港區管理機關申請設立以境外投資為專業之控股公司。
九、單一窗口
       自由貿易港區單一窗口係以「專案經理人」提供便捷式一站服務式(one-stop service)，以滿足企業進駐所需各項行政服務，本局業於各海港自由港區成立聯合服務中心，由臺灣港務股份有限公司及本局各航務中心之專案經理人提供進駐業者申辦輔導、投資諮詢及各項行政服務之單一窗口。

我國「自由貿易港區」的規劃重點，是在國際港口或機場等管制區或毗鄰地區，劃設「境內關外」的區域，透過貨物自由流通、稅賦減免，降低行政管制，並規範事業建構貨物控管、電腦連線通關及帳務處理之自主管理系統，讓廠商進駐台灣自由貿易港區後，能在便捷的人流、物流效率下，達成運用全球資源，快速反應市場需求，進而提升企業競爭力。

綜合而言，我國自由貿易港區的優勢如下：
一、功能方面：提供企業從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽或技術服務等營運模式。
二、成本方面：自由港區事業自國外運入區內供營運之貨物及自用設備免稅，降低企業營運負擔。並放寬外勞僱用比例，自由港區事業僱用本國勞工人數，不得低於僱用員工總人數60%，降低勞工成本。
三、效率方面：國外與自由港區間貨物（含大陸貨品）流動，免通關及原則免簽審方式進出國境，使商品具有自由流通的彈性，提高物流效率。並便利國際及大陸商務人士前往自由貿易港區從事商務活動之入境簽證，提高人流效率。
四、法規鬆綁方面：包括放寬進儲未開放大陸物品之管理、引進按月彙報通關制度、放寬事業委託區外廠商加工等營運法規鬆綁，以提高企業營運競爭力。
五、服務方面：推動單一窗口服務，港區事業自主管理，以提高行政服務效率。

鄰近競爭國家之自由貿易港區大多是以提供轉口/轉運服務為主要營運模式，而我國因製造業基礎紮實，因此我們的自由貿易港區規劃提供廠商完整的深層加工功能，是我們特有的競爭優勢。

一、自由港區為「境內關外」之領域，貨物由國外進儲自由港區，或由自由港區輸往國外，僅須向海關通報並經海關電子回復已完成檔案記錄後，即可將貨物進儲或運出自由港區。 
二、自由港區之貨物與國內課稅區或保稅區間之流通，須依相關輸出入之規定辦理，並向海關申請核准，始得進出自由港區。 
三、自由港區內事業間之直接交易，並未運出自由港區，無須申請核准或申報回應紀錄，但應於發貨前向海關通報。 
四、為提供24小時便利通關與即時處理之服務，前述貨物流通之申報、申請及通報，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式辦理。

一、進儲自由港區事業之貨品，除違禁品或有違反安全、環保、國際公約或國際承諾之產品，須先經目的事業主管機關核准外，不受其他法律或輸出入規定限制。換言之，大陸地區貨品依其規定，亦得進儲自由港區。
二、由於台商至大陸投資設廠者數量眾多，大陸貨品至台灣進行加值再出口，有助於我國整體競爭力，因此除自由貿易港區設置管理條例第15條及第16條所列舉之貨物，其餘物品（包含大陸地區物品），不受其他輸出入規定之限制，得進儲自由港區。

財政部關務署103年3月3日臺財關字第1031000308號函示，自由貿易港區事業(含港區貨棧)，如符合下列條件，得以「電腦儲位管理」取代「實體區隔」：
1.設有經海關核可之倉儲設備，貨物儲位、移倉異動及進出倉庫等均設有完整之電腦控管(含24小時無死角即時監視影像及具有存檔30天功能)作業流程。
2.所有進出貨物外箱或外包裝均應黏貼條碼(Bar-code)或無線射頻辨識系統電子標籤(RFID Tag)。
3.條碼標籤應標示：內裝貨物之貨名、料號、規格、型號、數量、隸屬貨物倉儲性質(如物流中心、港區事業、保稅倉庫、轉口貨棧或一般進出口貨棧)。
4.提供海關條碼讀取機(Bar-code Reader)或無線射頻辨識系統電子標籤讀取機(RFID Reader)現場讀取，並將儲位帳冊與海關電腦連線，供海關遠端稽核。

1.申請倉庫面積縮減，須經相關單位審查及現場會勘後，由管理機關審核同意。
2.依自由貿易港區事業營運管理辦法第11條第1項第3款規定辦理，自由港區事業及非自由港區事業間須有明顯之實體區隔，至其區隔方式可考慮廠區使用及效益作有彈性之設置。

1.海運轉口貨物不運出管制區者，尚無查驗或押運之作業。
2.自由貿易港區事業如於廠內對貨物進行移動、拆裝、簡易加工、重整等作業，本無須逐筆通報、查驗、押運。
3.海運進口，並由海運出口轉口貨物之重整，如操作人屬AEO之運輸業者及倉儲業者，得於每年事先聯名向海關申請許可，逕自辦理重整作業，免逐案申請，重整完成後，再檢具申請書辦理進口艙單更正作業。

1.本局北部航務中心及中部航務中心針對簡易加工案件均採逕行審核，查103年申請案件，行政審核時間均於1-7天內完成，如複雜案件始另召開審查會議辦理；南部航務中心現則均採召開審查會方式辦理。
2.本局如遇需召開審查案件，均已併邀請海關與會，故並無核准後再傳送海關審查之情事。
3.查民航局業已擬定「自由貿易港區管理機關受理委託區外廠商加工申請審查作業程序說明書（草案）」，俟交通部核定後，海、空自由貿易港區均將依該規定辦理。

可以F5報單方式申報，貨物經海關放行後以專用車隊運送至空運關區貨棧，該貨棧點收並傳輸出口貨物進倉資料訊息至海關後，轉機出口。

以自由港區事業名義進行貨物之通報，並以自由港區事業為納稅義務人(包括收貨人、提貨單或貨物持有人)，該貨物即符合設管條例第21條「供營運」之貨物，得免徵相關稅費。

依據「自由貿易港區設置管理條例」第28條規定：
一、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備。
二、保稅區營業人銷售與外銷廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
三、課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
四、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業與營運相關之勞務。
五、自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。

1.外國營利事業申請適用「自由貿易港區設置管理條例」第29條第1項規定免徵營利事業所得稅時，檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關申辦免納營利事業所得稅：
(1)依「營利事業於自由貿易港區從事貨物採購輸入儲存或運送免徵營利事業所得稅辦法」規定，向自由港區所在地之管理機關申請核發符合外國營利事業於自由港區從事貨物儲存或簡易加工證明函影本。
(2)經營利事業所得稅查核簽證申報會計師複核之當年度適用自行申設或委託自由港區事業租稅獎勵表及相關證明文件。
2.前揭經簽證會計師複核之租稅獎勵表，可提高相關文件之正確性及可信度，並降低事後查核耗費之時間及人力，已有效簡化納稅義務人申請程序並降低稽徵作業成本。
3.有關申請核發儲存或簡易加工證明函，交通部於103年10月14日以交航字第10350126291號令修正發布「外國大陸地區香港或澳門營利事業於自由貿易港區從事貨物儲存或簡易加工計畫書」之申請文件簡化，相關資料可至航港局網站-下載專區-港務類查詢。

依據「自由貿易港區設置管理條例」第21條第2項規定：「自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後5年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。」，查其立法理由係自國外運入供自由港區事業使用之機器或設備，尚未進入關內，有關之關稅、貨物稅及營業稅亦應予免徵，惟如於短期(5年內)使用後復輸往課稅區者，仍應以進口貨物之規定，課徵進口時應徵之稅捐，以符公平。至使用超過5年之機器，已提列相當之折舊，爰明定該機器設備輸往課稅區時，免予課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。

根據「自由貿易港區設置管理條例」規劃，國際(不含大陸)商務人士除得依一般(停留或居留)簽證、免簽證或落地簽證外，緊急案件得由港區管理機構核轉主管機關於7個工作天內辦理「選擇性落地簽證」入境。

1.依「自由貿易港區設置管理條例」第11條第2項規定，自由港區事業僱用勞工總人數中，應僱用百分之三具有原住民身分勞工。
2.未依前項規定足額僱用者，應依差額人數乘以每月基本工資，定期向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納就業代金。

一、為提升自由港區行政服務效能，自由港區單一窗口規劃以「專案經理人」提供便捷式一站服務式(one-stop service)，以滿足企業進駐所需各項行政服務；本局業於各海港自由港區成立聯合服務中心，由臺灣港務股份有限公司及本局各航務中心之專案經理人提供進駐業者申辦輔導、投資諮詢及各項行政服務之單一窗口。
二、目前本局各航務中心之「專案經理人」除提供企業上開各項行政服務外，並接受其他行政機關委託辦理「委託加工之審查核准」及「稅捐減免證明之核發」、「原產地證明書之簽發」、「外國人從事專門性技術性工作之聘僱許可」及「公司登記及管理業務」等5項服務。
三、本局後續將持續辦理「專案經理人」相關業務職能訓練，以提供專業及高效能之單一窗口服務，並塑造業者優質、簡便的經商環境。

1.依自由貿易港區事業營運管理辦法第3條申請經營自由港區事業應檢具設施或土地租賃契約書或相關證明文件向管理機關申請籌設許可，並無強制租用港區貨棧之規定。
2.依「自由貿易港區貨物通關管理辦法」第2、5、6及24條意旨，港區事業貨物輸往國外，自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區保稅區貨物輸往自由港區，均須將貨物進儲港區貨棧並辦理相關通關(報)事項；該貨棧可為「港區事業自己所經營之港區貨棧」，亦可為其他自由貿易港區事業所經營之港區貨棧。

交通部102年11月25日交航字第1020039741號函示：「自由港區貨物於放行前或放行之翌日起6個月內尚未經海關核定應驗貨物、發現不符、接獲走私密報或通知事後稽核，業者發現錯誤並主動申請更正報單時可不予處分。」