為維護港區安全，本局依據商港港務管理規則第29條規定訂定「交通部航港局港區危險物品作業安全督導實施要點」，並組成危險物品安全督導小組(以下簡稱督導小組)，督導港區內各公民營業者之危險物品裝卸、運送、存放及事故之處理業務。

危險物品安全督導小組由本局各航務中心邀集環境部大氣環境司、環境部化學物質管理署、海洋委員會海洋保育署、海洋委員會海巡署所轄各分署、臺灣港務股份有限公司所屬各港務分公司、內政部消防署港務消防大隊(各港務消防隊)、地方政府環保局等機關(構)共同組成，各航務中心簡任級以上人員擔任小組召集人，相關單位依權責分工執行危險物品督導。主要督導對象為港區從事危險物品之儲運類(管道及儲槽)、港區列管許可之危險物品倉庫業者、港區各公民營貨櫃集散站及其他各航務中心列管之業者。

另為提升港區安全檢查強度，本局依據「交通部航港局港區危險物品作業安全督導實施要點」，針對督導缺失，認有立即危險之情形者，要求業者立即改善，無法立即改善者，應限期改善並予複查，並將危險品安全督導修正為每半年至少啟動1次之方式辦理，並視需要增加督導頻率。對於督導結果不符規定者，即要求立即改善，對於不能立即改善者，應請受督考業者於限期前確實改善後，辦理複查，以有效控管相關督導缺失是否確實改善。