本局於101年6月15日接受交通部委任，接辦船員訓練及其專業訓練機構管理事項，即委託臺灣海洋大學、高雄科技大學、台北海洋科技大學、中華航業人員訓練中心及長榮船員訓練中心等專業機構辦理各項船員專業訓練，有助提升船員工作技能，培養海運技術人才，俾符合航海人員訓練、發證及當值標準國際公約(STCW)及其修正案規定。
為方便船員受訓，各專業機構自受理船員報名起至受訓、測驗及領取合格證書採一貫作業，單一窗口全功能服務。
輔導船員取得符合STCW公約2010修正案之各項專業證書
因應STCW公約2010年修正案106年1月1日起強制生效，本局持續辦理各項專業訓練課程，協助船員於該修正案生效前完成相關職級對應新增項目，取得符合國際公約規範之專業訓練證書，提升就業競爭力。
建置「船員專業訓練報名平臺」
「船員專業訓練報名平臺」(已併入「船員智慧服務平臺」)建立統一報名管道與公開透明機制，採統一集中的方式以電腦化作業受理線上報名，由系統自動檢核參訓資格，並依報名者報名順位分配參訓，俾利船員報名各項專業訓練公費課程。系統自104年4月1日上線，同年5月起開放線上報名各項公費訓練課程，各項課程報名時間原則為該課程開課日期前2個月上午9時起至開課日期前35天下午5時止。
